Nach dem „Second Impact“ versucht die Organisation NERV die Stadt Neo Tokyo 3 mit Hilfe sogenannter „Evangelions“, welche von Kindern gesteuert werden, zu beschützen. Die feindseligen „Engel“, riesige Kreaturen, denen sogar Nuklearwaffen nichts ausmachen, sollen vor der Erdbevölkerung erfolgreich ferngehalten werden. Die neue Evangelion-Pilotin Mari und ihre „Nerv“-Mitstreiter können zunächst weitere Attacken abwehren, während sich der „Third Impact“ jedoch unaufhaltsam nähert. Doch weitere, mächtige Engel dringen in das unterirdische Gelände ein und beginnen mit der Verwüstung...
Evangelion Shin Gekijouban: Ha (You Can (Not) Advance) setzt direkt am Ende des Vorgängerfilms Evangelion Shin Gekijouban (You Are (Not) Alone) an und führt die Story fort. Wie auch im ersten Teil griffen die Regisseure auf Elemente der Serie Neon Genesis Evangelion zurück - man hielt sich jedoch weniger stark an die Vorlage, sodass Änderungen enthalten sind, die nicht der Serie entsprechen.