So 100% richtig ist das nicht.
Die CPU hat 28 PCIe Lanes. Wie die verteilt werden liegt größtenteils am Mainboardlayout.
Der X299 Chipsatz hat 30 HISO Lanes, sowas wie PCIe Lanes. Der Einfachheit nennen wir sie auch mal PCIe Lanes.
Davon gehen immer 6 Stück an den USB-Controller. Bleiben noch 24 übrig. Die 24 sind für den Mainboard Hersteller frei zu konfigurieren in SATA Ports, NVMe Ports, PCIe Ports etc.pp.
Das hat noch lange nichts mit den 28 PCIe Lanes des Prozessors zu tun. Bei HEDT Systemen sind die meistens auf die PCIe Steckplätze verteilt. Also im Falle von 28 Lanes also 1x 16-Fach (Grafikkarte 1) + 1x 8x-Fach (Grafikkarte 2) + 1x 4-Fach (NVMe)
HDDs hängen nie direkt an der CPU. Die hängen am Chipsatz. Brauchen also auch keine Lanes der CPU.
Wenn ich das richtig verstehe hast du ne NVMe und ne Grafikkarte die Lanes ziehen. Also eigentlich nichts was nicht mit jedem normal i7 auch gehen würde :)
Verbraucht hast du 28 - 16 - 4. Wie du geschrieben hast. Also sind noch 8 Lanes frei und die müssten auf dem 2. PCIe Slot stecken. Egal was du machst.
Wenn das SATA/NVMe geteilte Slots sind kann man entweder im BIOS einstellen was es sein soll oder er macht das automatisch.
Kann aber sein, dass dann SATA Ports oder PCIe Slots wegfallen. Je nach Layout.
Wie gesagt näheres steht in den Handbüchern der Boards.
Chipset Block Diagramm:
Chipset Marketing Folien: