Als Link in den Wäldern Hyrules nach einem alten Freund sucht, wird er von Horror Kid in ein Deku Kind verzaubert und in der Zeit zurück versetzt. In Unruhstadt, wo er landet, wird der anstehende Karneval durch den herabfallenden Mond überschattet. Link macht es sich zur Aufgabe, die Stadt mit Hilfe seiner Okarina vor dem drohenden Unheil zu retten.
Anschließend an die eigentliche Geschichte findet sich im Manga eine 19-seitige Bonusgeschichte, welche die Herkunft von Majoras Maske erklärt. Die Maske besteht aus dem Panzer einer Kreatur, die als einziges Lebewesen in einer Welt lebte. Ein Krieger, der ebenfalls in diese Welt gelangt, überlistet das Wesen und bringt es dazu, zu tanzen, bis es tot ist. Da das Wesen die Welt zusammenhielt, zerfällt alles, bis auf seinen Panzer, aus dem der Krieger die Maske fertig und die Macht der verstorbenen Kreatur in sie einarbeitet.
Der Manga mit dem Originaltitel Zelda no Densetsu: Majora no Kamen von Akira Himekawa (Schöpfer der gesamten Zelda Reihe, Brave Story) erschien 2001 im Taschenbuchformat als Einzelband in Deutschland, verlegt von Shogakukan. Er basiert auf dem Nintento 64 Spiel aus dem Jahr 2000, auch wenn die Story im Manga, insbesondere das Ende, geringfügig vom Spiel abweicht.