Spielt nach der Geschichte von Kingdom Hearts Birth By Sleep:
Sora lebt mit seinen beiden Freunden Riku und Kairi schon seit seiner Kindheit auf einer kleinen, idyllischen Insel namens „Destiny Islands“. Eines Tages träumen die Drei davon, andere Welten kennen zu lernen und bauen sich kurzerhand ein Floß, mit dem sie aus ihrer eigenen Welt segeln, und andere unbekannte Welten bereisen wollen. Am Abend der Fertigstellung des Floßes jedoch passiert plötzlich ein Unglück und ihre Pläne werden über den Haufen geworfen. Die Insel wird von schattenhaften Wesen, den Herzlosen, angegriffen und auf einmal erscheint Sora das rätselhafte „Schlüsselschwert“, das ihn beim kämpfen unterstützen soll. Ihn verschlägt es nach dem Kampf mit den dunklen Gestalten durch einen kosmischen Sturm in die ihm unbekannte “Stadt Traverse”. In der Hoffnung, Riku und Kairi hier wieder zu finden, sucht er die Stadt ab und trifft so auf Leon, der ihn über seine Aufgabe als „Schlüsselschwertträger” aufklärt. Danach trifft er auf Hauptmann Goofy und Hofmagier Donald von Schloss Disney, die auf der Suche nach ihrem König sind. Dieser hat sich aufgemacht, um zu ergründen, wieso auf einmal die Sterne vom Himmel verschwinden. Er gab Donald und Goofy den Auftrag, den Träger des Schlüssels zu beschützen und so schließt Sora sich den beiden an und sie machen sich nun zu dritt auf den Weg. Ihre Reise führt sie durch viele verschiedene Welten, auf der sie Hinweise bezüglich des Aufenthaltsortes ihrer Freunde sowie auf die Herkunft der Herzlosen erhalten