Folge 26: Ohne Erinnerung
Als die Freunde in die Zentrale von DATS zurückkehren, treffen sie auf Commander Hashiba: Kurata hat nun das Sagen und die restlichen Mitglieder der DATS wurden verhaftet. Dann werden die Erinnerungen von Thomas, Marcus und Yoshino gelöscht und ihre Digimon eingefangen. Doch sie beschließen sich zu wehren: Agumon speit Feuer und Rauch und in der Verwirrung, die entsteht, können die Digimon entkommen und machen sich auf die Suche nach ihren Partnern...
Folge 27: Digitor, öffne dich!
Kurata hat das DATS-Hauptquartier in die Luft gesprengt und ist dann in die Digiwelt verschwunden. Die Freunde machen sich auf den Weg zu Keenans Vater, der ihnen ein Digitor öffnen soll. Er weigert sich ihnen zu helfen, da er überglücklich ist, seinen Sohn wieder bei sich zu haben. Doch er sieht ein, dass Keenan sich nichts sehnlicher wünscht, als die Digiwelt zu retten und so lässt er ihn schweren Herzens wieder ziehen. Im Tunnel zur Digiwelt treffen Marcus und seine Freunde auf das gemeine Trio Nanami, Ivan und Kouki, die sie herausfordern. Um ein Haar wäre alles schief gegangen, wenn nicht plötzlich Kudamon und Commander Sampson aufgetaucht wären und in den Kampf eingegriffen hätten. Unsere Freunde landen wohlbehalten in der Digiwelt und können loslegen...
Folge 28: Mit vereinten Kräften
Die Freunde machen sich auf den Weg zu Jureimon. Unterwegs begegnen sie einer Horde von Gizmon XT, die sie nur mit Hilfe von Bantyoleomon besiegen können. Sie treffen Jureimon, der nicht gut auf Kurata zu sprechen ist, als plötzlich auch noch Ivan, Kouki und Nanami auftauchen. Durch perfekte Abstimmung aufeinander und ihre innere Stärke, können Marcus und seine Freunde die drei miesen Typen in die Flucht schlagen. Leider halten ihre Digivice diesem Angriff nicht stand und der Einzige, der sie reparieren könnte, wäre Marcus’ Vater...
Folge 29: Das Digisoul-Trainingslager
Mit ihren kaputten Digivices treffen unsere Freunde Bantyoleomon. Es lädt sie in das Digisoul Trainingslager ein, damit sie ihr Digisoul trainieren. Agumon, Lalamon und Gaomon warten draußen, als sie plötzlich von Ivan, Kouki und Nanami angegriffen werden. Bantyoleomon fordert Marcus und seine Freunde auf, ihren innersten Willen sprechen zu lassen. Ihr fester Wille und ihr unglaublicher Mut verhelfen den Freunden zu Mega-Kräften. Diese transportieren sie in ihre Digivices, die damit repariert sind. Einem Sieg gegen Ivan und Konsorten steht nun nichts mehr im Weg. Doch Bantyoleomon hat einen weiteren Auftrag für sie...
Folge 30: Freunde machen stark
Die Freunde sind in der glorreichen Stadt angekommen und werden dort gefangen genommen. Auch Yushima ist ein Gefangener der Digimon. Erst als diese merken, dass Marcus der Sohn von Spencer Damon ist, lassen sie die Freunde frei. Plötzlich greift eine Gruppe Gizmon XT an, die unsere Freunde jedoch problemlos abwehren kann. Leider haben sie übersehen, dass Ivan, Kouki und Nanami von Kurata weiterentwickelt wurden und nun die Digimon an einer anderen Stelle angreifen.
Folge 31: Angriff ist die beste Verteidigung?
Nach der Digimon-Attacke können sich die Jungs nicht für eine Strategie entscheiden. Thomas möchte Eldoradimon beschützen, doch Marcus zieht los, um Kurata herauszufordern. Thomas bleibt zurück und wird von Nanami an einen Wasserfall gelockt, wo sie ihn in einen Kampf verwickelt, in dessen Folge der Staudamm bricht. Marcus und Keenan und ihre Digimon verteidigen derweil Eldoradimon gegen die Gizmon XT, doch eine Flutwelle droht...
Folge 32: Eldoradimon verschwindet
Im Kampf gegen Kurata nehmen es diesmal Yoshino und Lalamon mit Ivan auf. Ivan ist in Yoshino verliebt und möchte, dass sie endlich mit ihm ausgeht. Währenddessen geben Marcus, Keenan und ihre Digimon alles, um Kuratas finsteren Plan zu verhindern: Die glorreiche Stadt Eldoradimon soll durch ein Digitor in die reale Welt geschafft werden.
Folge 33: Das Gizmon Javelin
Im Ringen um die Stadt Eldoradimon tritt diesmal Kouki gegen Marcus an. Da Agumon zu Shinegreymon digitiert, kann Kouki außer Gefecht gesetzt werden. Doch Kurata hat das Gizmon Javelin entwickelt: Eine riesige Sprengladung, die er auf Eldoradimon fallen lässt. Marcus und seine Freunde können das nicht mehr verhindern, aber sie wollen versuchen die Bewohner zu retten. Als das Team zu dieser Aktion aufbricht, fehlen plötzlich Thomas und Gaomon. Was steckt dahinter?
Folge 34: Eine böse Überraschung
Thomas wird per Helikopter nach Hause zu seinem Vater und seiner Schwester Relena gebracht. Zu seiner Überraschung sitzt dort Professor Kurata gemütlich im Sessel und schlägt einen Deal vor: Er verspricht die kranke Schwester gesund zu machen, wenn Thomas mit ihm kooperiert. Der Rest der Gruppe sitzt derweil in einem Geheimversteck der DATS, als ein Piximon auf dem Bildschirm erscheint. Um es zu retten, müssen sie ihren Unterschlupf verlassen und treffen auf einen vollkommen verwandelten Thomas. Was ist geschehen?
Folge 35: Zurück ins Ei
Professor Kurata hat noch ein Ass im Ärmel: Das „noch schlafende Belphemon“. Dieses Digimon ist stärker als alle, die zuvor bekannt waren und soll ihn nicht nur zum Herrscher der Digiwelt, sondern zum Regenten aller Welten machen. Marcus hat währenddessen andere Sorgen: Agumon wurde in ein Digiei zurückverwandelt und es ist unklar, ob es jemals wieder schlüpft. Keenan und Falcomon haben in der Zwischenzeit herausgefunden, dass Thomas mit Kurata gemeinsame Sache macht - doch bevor sie diese Nachricht dem Rest des Teams mitteilen können, werden sie von Miragegaogamon angegriffen.
Folge 36: Auf Thomas ist Verlass!
Thomas scheint nach wie vor auf Kuratas Seite zu stehen, denn er entwickelt für ihn ein Gerät zur Kontrolle von Digimon. Doch in letzter Sekunde überlegt er es sich anders und rettet seine Schwester Relena. Yushima, dessen Rettungsversuch fehlschlug, ist erleichtert. Doch Kurata gibt sich nicht geschlagen. Er fusioniert nun selbst mit dem Belphemon, was es noch böser macht. Während das DATS-Team losstürmt, um zu retten, was noch zu retten ist, muss Marcus im Quartier bleiben und Agumons Digiei hüten. Das fällt ihm nicht leicht und so packt er das Ei in einen Rucksack und läuft seinen Freunden hinterher. Können sie Kurata noch stoppen?
Folge 37: Agumon, wach auf!
Obwohl niemand damit gerechnet hat, ist Thomas plötzlich wieder beim DATS-Team dabei und greift das mit Kurata vereinigte Belphemon mit MirageGaogamon an. Doch alles ist vergebens, sie schaffen es nicht, dagegen anzukommen. Selbst als Yatagaramon die Mega-Digitation zu Ravemon vollzieht, können unsere Freunde gegen Belphemon nichts ausrichten. Und Marcus verzweifelt, da Agumon immer noch auf dem Level eines Digi-Eis ist und nicht mitkämpfen kann. Doch dank seiner Zuneigung schafft er es, Agumon in seinen alten Zustand zurückzuholen.
Folge 38: Stärker als alles auf der Welt
Die Lage scheint immer aussichtsloser zu werden. Nachdem Belphemon Kuratas Geist unter Kontrolle gebracht hatte, wütet es unverdrossen weiter und ist kaum aufzuhalten. Kurata hat durch den Einsatz einer Oszillationsbombe das Raum-Zeit-Kontinuum empfindlich gestört. Es droht ein Zusammenprall der Digiwelt mit der realen Welt. Marcus und ShineGreymon erreichen dank ihrer Freundschaft das Burst-Level und können Belphemon besiegen. Nur Kurata können sie nicht stoppen. Und dann ist da auch noch der Riss im Raum-Zeit-Kontinuum...
Folge 39: Auf Messers Schneide
Craniummon und Yggdrasil, der große Gott der Digiwelt, erörtern die Lage: Da sich der Untergang der Welten gegenseitig bedingt, scheint es keine Rettung zu geben. Doch Bantyoleomon konzentriert all seine Energie in sein Digisoul und schafft so ein neues Fundament für die Digiwelt. Außerdem ermöglicht er Marcus noch zu vollenden, was Spencer Damon nicht gelang. Er bricht zu Yggdrasil in die digitale Welt auf, um mit ihm den Konflikt endgültig zu lösen. Nach kurzem Zögern folgen ihm seine Freunde.
Folge 40: Ein Wiedersehen der anderen Art
Wieder in der Digiwelt treffen die Freunde zuerst auf den wiedergeborenen Gotsumon, der sich nicht mehr daran erinnert, wie er früher war. Aber unsere Freunde erinnern sich sehr wohl. Gotsumon schließt sich der Truppe an und führt sie zum Palast von Yggdrasil. Doch der Herrscher der Digiwelt hat gut ausgerüstete Wächter, allen voran Craniummon, der so schnell agiert, dass man seine Bewegungen gar nicht mehr sieht. Als Marcus ihm aber allein entgegentritt, ruft er Verstärkung herbei. Kurz darauf erscheint der Herrscher selbst und als er sich die Kapuze vom Kopf zieht, ist die Überraschung groß...
Folge 41: Kleiner Mann... ganz groß
Die königlichen Ritter beschützen Yggdrasil, doch der königliche Ritter Sleipmon rettet unsere Freunde. Die Überraschung ist groß, als sie von Commander Sampson erfahren, dass Sleipmon das digitierte Kudamon ist und inzwischen auf der Seite der Menschen steht. Marcus erinnert sich an seinen Vater: Spencer Damon war ein fürsorglicher Mann, der Marcus sportliches Verhalten und Freundlichkeit gelehrt hat. Warum hat er sich so verändert?
Folge 42: Die Familienehre
Franz Norstein versucht trotz der Belagerung durch die königlichen Ritter seinen Jet zu starten. Als dies nicht gelingt, eskaliert die Situation zwischen Vater und Sohn: Thomas wirft seinem Vater vor, sich nie gegen seine Mutter, die Großmutter von Thomas, durchsetzen zu können. Werden sie ihren Konflikt lösen können?