Beim ersten Einsatz vom Major, als Sie vom Hochhaus springt und sich ihren Weg durch die Fensterfront hindurchschießt, kommen neben den Original-Motiven aus "Ghost in the Shell" auch Motive aus "Ghost in the Shell 2: Innocence" (Geisha-Roboter) und der ersten Episode der "Stand Alone Complex"-Serie zum Einsatz.
Die Firma "Hanka Robotics" kann man mit der Firma "Locus Solus" aus "Innocence" gleichsetzen mit Bezug auf die von Hanka gebauten Geisha-Robotern. Interessanterweise wird an einer Stelle sogar "Locus Solus" erwähnt.
Auf der Suche nach "Kuze" untersuchen der Major und Batou eine Yakuza-Cyborg-Bar. In "Innocence" passiert dies durch Togusa und Batou.
"Kuze" übernimmt im Realfilm die Position des "Puppet-Master" des Original-Films.
In "Innocence" hält sich Batou einen Hund, im Realfilm ist dies einer von vielen streunenden Hunden, die er jede Woche füttern geht.
In der Cyborg-Klinik, als die Roboter-Geisha untersucht wird, kommen zahlreiche Motive aus "Innocence" zum Vorschein.
Die Thematik mit den entführten Jugendlichen, was sich zum Ende hin herausstellt, ist nahezu ähnlich zu den Entführungen der Kinder in "Innocence" durch Locus Solus.
Togusa benutzt wie schon im Anime einen "Mateba Autorevolver".
Die Untersuchungsgespräche im Büro der Sektion 9 mit den Hologrammen wurde jenen aus "Innocence" fast 1 zu 1 nachempfunden.